Quiroga es un pueblo de fundación prehispánica que constituía un paso obligado de la capital de los tarascos de Tzintzuntzan, al centro ceremonial de Zacapu y era conocido como Cocupao, que Significa “lugar de recepción”.

La historia precolonial de Quiroga se conoce poco, pero se supone que fue un asentamiento de poca importancia.

Durante la colonia, los franciscanos llevaron a cabo la evangelización de los indígenas del lugar. Durante este período, sus pobladores fueron predominantemente indígenas y vivían de la agricultura y del trabajo artesanal en madera. Se supone que al llegar Vasco de Quiroga a la región, fomentó en los pobladores, la industria de pinturas en bateas.

En la época independiente fue territorio insurgente y recibió ataques del realista Don Manuel Concha.

En el Siglo XIX, fue centro comercial de importancia, por ser paso obligado para el occidente del país.

Se constituyó en municipio, por la Ley Territorial de 10 de diciembre de 1831.

Por el decreto del Congreso del Estado, el 3 de septiembre de 1852, se le dio a Cocupao el título de Villa y se le otorgó el nombre de Quiroga, para honrar la memoria del ilustre obispo de Michoacán.

En Quiroga, se encuentran dos localidades: Santa Fe de la Laguna que es una población prehispánica, y Huayamen, que fue reubicada por Don Vasco de Quiroga, para establecer un hospital.

La población indígena del lugar, ha conservado sus costumbres y formas culturales.

En 1986, se elevó a la categoría de ciudad, en virtud de su desarrollo económico.